深圳市人民醫院始建于1946年，前身系寶安縣衛生院，解放后更名為寶安縣人民醫院，亦稱“留醫部”，1979年更名為深圳市人民醫院。1994年被評為深圳首家“三級甲等”醫院，1996年經國務院僑辦批準成為暨南大學醫學院第二附屬醫院，2005年升格為暨南大學第二臨床醫學院，2018年掛牌南方科技大學第一附屬醫院。醫院目前共有院本部、龍華分院、坂田院區、一門診和大鵬轉化醫學協同創新中心，現已發展成為功能齊全、設備先進、人才結構合理、技術力量雄厚，集醫教研為一體的現代化綜合性醫院。

醫院占地面積167708平方米，建筑面積353041平方米，開放床位2992張，在崗員工5172人，其中具有高級職稱951余人，中級職稱1843人，博士生導師28人，碩士生導師162人。2022年出院病人13.3萬人次，診療人次335.3萬人次。

2017年12月通過“三級甲等”醫院復審，同年被國家衛生計生委、廣東省衛生計生委評為“改善醫療服務行動計劃”示范醫院。2018年6月，獲廣東省政府遴選為全省首批九家“登峰計劃”建設醫院之一。醫院連續多年進入艾力彼全國頂級醫院100強榜單，并在三級公立醫院績效考核中屢創佳績，連續三年獲評等級A+。2022年，深圳市人民醫院首次入選復旦版《2021年度中國醫院綜合排行榜》綜合百強，15個學科提名復旦華南區專科聲譽排行榜，其中，健康管理科進入全國專科綜合、全國專科聲譽雙榜前10，華南地區健康管理科聲譽排行榜第1名。

醫院目前擁有國家臨床重點專科2個（呼吸與危重癥醫學科、普通外科），廣東省臨床重點專科7個（普通外科、胸外科、重癥醫學科、消化內科、神經內科、心血管內科、腎內科），擁有17個深圳市重點醫學專科及多個支撐平臺。2003年率先引進中國大陸第一臺“宙斯ZEUS”手術機器人，并于2004年4月完成了中國大陸第一例機器人腹腔鏡膽囊切除術。2013年介入微創診療中心被評為亞洲冷凍治療培訓基地。2014年胸外科完成了世界首例單孔全胸腔鏡肺段袖式切除術，該項技術在SCI的發表標志著肺癌根治術，早期肺癌根治手術躋身國際水平。2015年9月獲批“中國胸痛中心”醫院。2015年10月獲批人類輔助生殖中心。2017年1月被認定為“廣東省產前診斷專項技術指導中心”、“廣東省重癥孕產婦救治中心”和“廣東省重癥新生兒救治中心單位”。2019年成功引進TOMO 螺旋斷層放射治療系統和第四代達芬奇手術機器人（均為深圳首臺）。2023年1月成功獲批認定為“廣東省老年疾病臨床醫學研究中心”。

醫院為國家住院醫師規范化培訓基地及臨床技能模擬培訓中心。為暨南大學第二臨床醫學院博士后創新實踐基地。醫院呼吸與危重癥醫學科為國家首批專培基地。醫院現有內科學、外科學、婦產科學、兒科學等24個教研室。已培養碩士生1160余名、博士生80余名，本科生450余名。每年招收臨床實習生200余名，進修生200余名。

醫院擁有3個廣東省工程技術研究中心、4個研究所、6個深圳市醫學重點實驗室、5個深圳市工程技術研發中心，是國家級臨床藥物試驗機構，干細胞臨床研究機構，國家醫療器械試驗機構。醫院與廣州呼吸健康研究院鐘南山院士呼吸疾病團隊等25家知名學科團隊簽訂“三名工程”合作協議。

2021年國自然立項31項，其中面上項目13項，青年基金項目18項，資助經費達1172萬元，連續三年位居全市醫療衛生機構第一。2021年醫院以第一作者或通訊作者共發表SCI學術論文總數426篇，其中中科院一區59篇，中科院二區159篇；以第一作者單位或通訊作者單位發表自然指數期刊9篇。2022年以我院為第一或通訊SCI論文共497篇，總影響因子3638；其中，中科院1區論文77篇，2區論文177篇，自然指數期刊4篇，在LANCET MICROBE，The Lancet. Infectious diseases，JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY，Molecular cancer等高水平期刊上發表數篇論文。

醫院先后選送專業技術骨干前往美國耶魯大學、加州大學、斯坦福大學、紐約長老會哥倫比亞與康奈爾大學醫院、邁阿密大學醫學院、賓州大學醫學院、哈佛大學醫學院（附屬麻省總醫院、貝絲以色列女執事醫學中心）、休斯頓衛理公會全球健康服務中心、德國雷根斯堡大學醫院、英國桑德蘭大學、比利時布魯塞爾大學、澳大利亞科廷大學、加拿大西蒙弗雷澤大學、新加坡國立大學醫院、香港中文大學威爾士親王醫院、香港大學瑪麗醫院等國際知名學府進修學習。

醫院先后與德國紐倫堡大學醫學院、不萊梅港中心醫院、英國倫敦大學、英國愛丁堡大學、加拿大西大略大學器官移植中心、美國休斯敦衛理公會醫院、法國里爾大學醫療中心、韓國全南大學校病院、韓國大田宣醫院建立、南非開普敦大學格魯特舒爾醫院起長期合作與交流平臺，締結友好醫院。

未來，在市委、市政府及上級主管部門的正確領導下，醫院將堅持實施“124488”發展戰略，努力建設立足大灣區、面向全球化打造專科特色鮮明、品牌優勢突出、優質人才集聚、溫情服務凸顯、特色文化濃厚的國際化、智慧化、研究型的高水平現代化醫院。